Oddělení COS pro děti soustřeďuje veškeré operační výkony hospitalizovaných nemocných v dětské části nemocnice. Kromě Dětského kardiocentra nemá žádná klinika nebo oddělení s chirurgickým zaměřením své vlastní operační sály.
Je naší chloubou, že po přestavbě dětské části FN Motol se podařilo vybudovat pracoviště, které je postaveno na nejmodernějších architektonických zásadách. Operační trakt je vedle špičkového přístrojového vybavení opatřen elektronickým zabezpečením, vzduchotechnikou, sítí informačních technologií atd. Je přísně dodržen pohyb materiálu a personálu dle současných hygienicko-epidemiologických pravidel, tedy od čistého (sterilního) k nečistému (použitému). Jsou respektovány tři oddělené základní hygienické zóny v operačních sálech, tedy čistá, ochranná a sterilní.
COS pro děti poskytuje služby operačním týmům různých oborů a dle jejich charakteristiky je organizačně rozděleno do dvou stanic. Lékaři jednotlivých klinik zde provádějí vedle běžných rutinních operací širokou škálu ojedinělých vysoce specializovaných výkonů.