Ústav patologie a molekulární medicíny se zabývá komplexní laboratorní diagnostikou nádorových a nenádorových onemocnění. Využívá metod klasické histologie a cytologie s navazujícími dalšími speciálními laboratorními vyšetřovacími metodami. Ty zahrnují: pohled do buněk a tkání na úrovni ultrastrukturální analýzy (elektronová mikroskopie), průkaz exprese proteinů (metody imunohistochemické, Western blot, průtoková cytometrie), průkaz enzymové aktivity ve tkáňových řezech (enzymová histochemie), analýzu změn na úrovni chromozómů a genů a průkaz některých virů v histologickém řezu (metody in situ hybridizace) a rozbor DNA a RNA extrahovaných ze tkání (metody kvalitativní a kvantitativní polymerázové řetězové reakce, sekvenování). Vyšetřovaným biologickým materiálem jsou tkáně (nativní, zmrazené, fixované), punktáty kostní dřeně, periferní krev, případně jiné buněčné tekutiny (výpotky) a autologní štěpy pro transplantaci kostní dřeně.
Nosným úkolem ve zdravotnictví je zabezpečení diagnostiky a typizace chorob nemocných operovaných nebo nemocných, u kterých byly odebrány vzorky buněk nebo tkání jiným než chirurgickým operativním přístupem (endoskopické odběry, jehlové punkce, stěry buněk) ve Fakultní nemocnici v Motole. Část vyšetření probíhá v rámci takzvaných peroperačních biopsií prováděných v průběhu operace a jejichž výsledek ovlivňuje rozhodování operatéra o dalším průběhu operace. Část vyšetření prováděných na pracovišti slouží ke stanovení prognózy některých onemocnění, kontrole odpovědi onemocnění na léčbu, nebo k indikaci pro cílenou specifickou terapii pacientů. Pitevním provozem pracoviště plní edukační a kontrolní funkci v rámci Fakultní nemocnice v Motole a 2. lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Praze.
Pracoviště se také zaměřuje na konzultační činnost s širším působením v rámci České republiky a to zejména pro diagnostiku nádorů dětského věku, pro diagnostiku onemocnění lymfatických tkání (obecně pro lymfomy a lymfoproliferativní onemocnění) a pro onemocnění kostní dřeně v rámci histologického zpracování tkání. Dalšími okruhy specializace pracoviště jsou: diagnostika onemocnění ledvin, diagnostika onemocnění svalů a poruch nervového systému – na úrovni histopatologické s využitím specializovaných laboratorních postupů, diagnostika vrozených vývojových vad, zejména kardiovaskulárního systému.
Diagnostikou onemocnění různých systémů se zabývají týmy školených pracovníků – lékařů a biologů s pomocí laborantek ve specializovaných laboratořích.
Výuková činnost ústavu je shrnuta na stránkách 2. lékařské fakulty. Naše pracoviště je akreditované pro postgraduální školení lékařů a histologických laborantů.
Výzkumné aktivity zaměřuje Ústav patologie a molekulární medicíny především do oblastí nádorů dětského věku, onemocnění lymfatických tkání (lymfomy a lymfoproliferativní stavy) a do oblastí onemocnění svalů a nervového systému. Ve výzkumné činnosti pracoviště spolupracuje s klinikami 2. lékařské fakulty a Fakultní nemocnice v Motole, s Ústavem neurověd UK 2. LF a s Ústavem molekulární genetiky AV ČR. V rámci mezinárodní spolupráce je navázán dlouhodobý vztah s institucemi: Ústav patologickej anatómie a Konzultačné centrum bioptickej diagnostiky ochorení krvotvorby Jesseniova lekárska fakulta v Martine, Univerzita Komenského v Bratislave a Martinská fakultná nemocnica a Department of Neuropathology, Stanford University, Palo Alto, CA, USA.