Pracoviště poskytuje komplexní bakteriologickou, virologickou, mykologickou a parazitologickou diagnostiku s využitím širokého spektra diagnostických laboratorních metod. Velkou pozornost věnuje využití molekulárně genetických postupů v diagnostice infekčních nemocí, a to jak rychlých metod k co nejčasnější detekci infekčních agens, tak i metody panbakteriální PCR se sekvenací, uplatnitelné zejména u infekcí způsobených obtížně nebo rutinně nekultivovatelnými mikroorganismy.
Specializuje se na včasný průkaz a typizaci patogenů u pacientů s cystickou fibrózou, diagnostiku a epidemiologii infekcí Clostridium difficile, virové a mykotické infekce u pacientů s imunosupresivní terapií (včetně pacientů po různých druzích transplantací) a na detekci závažných nozokomiálních patogenů s mnohočetnou rezistencí k antibiotickým přípravkům. Velký důraz je kladen na odpovídající interpretaci mikrobiologických nálezů včetně konzultační činnosti, která kromě jiného zahrnuje doporučení antimikrobiální léčby, a to zejména u kriticky nemocných a pacientů s imunodeficiencí. Součástí pracoviště je antibiotické středisko usilující o prosazování principů racionální antibiotické léčby do praxe.
Ústav je pregraduálním i postgraduálním výukovým pracovištěm a je akreditován pro obor lékařské mikrobiologie. Výzkumná a publikační činnost je zaměřena na evaluaci nových metod pro diagnostiku infekčních onemocnění, aktualizaci či formulaci doporučených postupů pro diagnostiku a léčbu infekčních onemocnění, epidemiologii multirezistentních patogenů a objasňování mechanismů antimikrobiální rezistence.
